Quand un projet de grossesse tarde à se concrétiser, on pense souvent aux hormones, à l’ovulation, aux spermatozoïdes… mais rarement au microbiote. Pourtant, ce vaste écosystème de micro-organismes, présent dans le vagin, l’utérus, et même dans le sperme, joue un rôle essentiel dans la santé reproductive.

 

Dans les dernières années, plusieurs études scientifiques ont mis en lumière le lien entre l’équilibre du microbiote génital et les chances de conception, tant naturelle qu’assistée (PMA, FIV).
Dans cet article, je vous invite à explorer ce terrain invisible mais fondamental pour la fertilité, afin de mieux comprendre comment le soutenir naturellement.

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Le microbiote vaginal et utérin : un écosystème protecteur

Le vagin et l’endomètre (la muqueuse utérine) sont naturellement habités par des bactéries. Lorsqu’ils sont dominés par des espèces de Lactobacillus (telles que L. crispatus, L. iners, L. gensinii, L. gasseri), le microbiote agit comme une véritable barrière biologique :

• Il maintient un pH acide (~3,5–4,5), empêchant la prolifération des pathogènes;
• Il soutient l’équilibre immunitaire local;
• Il favorise la réceptivité de l’endomètre à l’embryon, ce qui favorise son implantation.

Selon plusieurs revues systématiques, un microbiote dominé par les Lactobacillus est associé à des taux plus élevés d’implantation, de grossesse et de naissance vivante, notamment chez les femmes ayant recours à la PMA (Brandão & Gonçalves-Henriques, 2020; Vitale et al., 2021; Punzón-Jiménez & Labarta, 2021).

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Dysbiose : quand l’équilibre se dérègle

Le terme dysbiose désigne un déséquilibre du microbiote. Dans le cas des microbiotes vaginaux et endométriaux, ils sont souvent marqués par :

• une diminution des Lactobacillus,
• une augmentation de la diversité microbienne (y compris des pathogènes comme Gardnerella, Chlamydia, ou Ureaplasma),
• un pH vaginal plus élevé,
• une inflammation locale chronique.

Ces déséquilibres sont corrélés à plusieurs problématiques de fertilité, notamment :

• l’infertilité inexpliquée,
• les échecs répétés d’implantation (RIF),
• les fausses couches à répétition (RPL).

Ces liens ont été documentés dans plusieurs études portant sur des femmes infertiles, des patientes en FIV ou des femmes présentant des troubles gynécologiques (Günther et al., 2022; Gao et al., 2024; Ughade et al., 2024).

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Le microbiote masculin : un acteur souvent ignoré

Saviez-vous que les hommes aussi ont un microbiote génital? Celui-ci se retrouve dans le prépuce, l’urètre, les glandes accessoires, et même dans le sperme.

Les recherches montrent que :

• Un microbiote déséquilibré chez l’homme est associé à une baisse de la qualité du sperme, à une mobilité réduite, et à des paramètres spermatiques altérés.
• La présence de certaines bactéries pathogènes peut engendrer de l’inflammation, nuire à la fonction des spermatozoïdes et même réduire les taux de succès en PMA.

Selon Osadchiy (2024), la composition du microbiote spermatique est significativement perturbée chez les hommes présentant des anomalies dans les paramètres spermatiques, ce qui suggère un lien potentiel entre déséquilibres microbiens et altération de la fertilité masculine.

Par ailleurs, une méta-analyse récente regroupant plusieurs essais cliniques randomisés (Oliveira, 2024) a mis en évidence les effets bénéfiques de la supplémentation en probiotiques chez les hommes infertiles. L’administration de certaines souches a permis une amélioration globale des paramètres spermatiques, incluant une augmentation significative de la motilité.

Ces bénéfices pourraient s’expliquer par plusieurs mécanismes : modulation de la sécrétion hormonale, réduction du stress oxydatif via l’élimination des radicaux libres, et amélioration du microenvironnement prostatique.

Jendraszak et al. (2024) et Ughade et al. (2024) rapportent que la dysbiose génitale masculine peut affecter la fertilité directement, et que la composition du microbiote est influencée par l’activité sexuelle et le microbiote de la partenaire.

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Un lien intime entre partenaires

Des données récentes suggèrent que la flore génitale des partenaires sexuels est interconnectée. Il est donc possible que le déséquilibre microbien chez l’un affecte la santé reproductive de l’autre. La composition du microbiote peut être influencée par les rapports sexuels, les infections antérieures ou encore le microbiote intestinal (Berard et al., 2025 ; Jendraszak et al., 2024).

Ce constat plaide pour une approche globale et intégrée de la fertilité, prenant en compte la santé des deux membres du couple.

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Que faire pour soutenir un microbiote fertile?

Bien que la recherche sur les interventions ciblées (comme les probiotiques vaginaux) reste encore limitée et parfois contradictoire, certaines approches naturelles peuvent soutenir un microbiote reproducteur sain :

Adopter une alimentation microbiote-friendly 

• Assurer une alimentation à base de végétaux, extrêmement variée (viser 12 à 15 fruits et légumes différents dans votre assiette chaque semaine).
• Favoriser les fibres prébiotiques : légumineuses, avoine, artichauts, topinambours, poireaux, asperges, ail, oignons, patates douces, bananes vertes.
• Intégrer des aliments fermentés quotidiennement : kéfir, miso, kombucha faible en sucre, choucroute crue.
• Augmentez votre consommation de polyphénols : canneberges, framboises, thé vert, cacao cru.
• Privilégiez les aliments certifiés biologiques.
• Éviter les excès de sucre raffiné et les produits ultra-transformés.

Respecter l’écosystème intime :

• Éviter les douches vaginales, les savons agressifs, les sous-vêtements synthétiques.
• Privilégier une hygiène douce, sans parfum.
• Éviter les tampons et produits d’hygiène non biologiques.

Gérer le stress et soutenir l’immunité :

• Le stress chronique influence la flore vaginale via le système nerveux et immunitaire.
• Pratiques recommandées : cohérence cardiaque, sommeil, exercice doux, accompagnement émotionnel.

Envisager les probiotiques (avec discernement) :

• L’usage de probiotiques ciblés (par exemple Lactobacillus crispatus) pourrait s’avérer bénéfique, mais doit idéalement être personnalisé et supervisé.

Bracewell-Milnes et al. (2018) signalent que les interventions probiotiques ont des effets variables, probablement en raison de la diversité des profils microbiens individuels.

Selon Thanaboonyawat et al., 2023, la supplémentation intravaginale en lactobacilles avant le transfert d’embryons n’a pas amélioré significativement le taux de grossesse biochimique et clinique dans la population générale, mais a considérablement réduit le taux de fausses couches. 

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Conclusion : Un nouveau regard sur la fertilité

Le microbiote reproducteur, longtemps ignoré dans le cadre des évaluations de fertilité, s’impose aujourd’hui comme un élément central du terrain fertile. Son équilibre influence non seulement les chances de conception, mais aussi la qualité des grossesses et le succès des techniques de procréation médicalement assistée.

Une approche personnalisée et intégrative, tenant compte du microbiote des deux partenaires, représente une voie prometteuse en fertilité naturelle comme assistée. En tant que naturopathe spécialisée en santé hormonale et fertilité, je vous accompagne dans l’exploration de ces pistes pour optimiser vos chances de concevoir, naturellement et en conscience.

Si vous êtes en démarche de conception — naturelle ou assistée — et que vous souhaitez explorer cette dimension invisible mais essentielle, je suis là pour vous accompagner. 

Marigil Pelletier, ND. A.

 

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Références

Tsonis, O., Gkrozou, F., & Paschopoulos, M. (2021). Microbiome affecting reproductive outcome in ARTs. Journal of Gynecology Obstetrics and Human Reproduction, 50(3), 102036. https://doi.org/10.1016/j.jogoh.2020.102036

Ughade, P. A., Shrivastava, D., & Chaudhari, K. (2024). Navigating the Microbial Landscape: Understanding Dysbiosis in Human Genital Tracts and Its Impact on Fertility. Cureus. https://doi.org/10.7759/cureus.67040

Brandão, P., & Gonçalves-Henriques, M. (2020). The Impact of Female Genital Microbiota on Fertility and Assisted Reproductive Treatments. Journal of Family & Reproductive Health. https://doi.org/10.18502/jfrh.v14i3.4666

Vitale, S. G., Ferrari, F., Ciebiera, M., Zgliczyńska, M., Rapisarda, A. M. C., Vecchio, G. M., Pino, A., Angelico, G., Knafel, A., Riemma, G., De Franciscis, P., & Cianci, S. (2021). The Role of Genital Tract Microbiome in Fertility: A Systematic Review. International Journal of Molecular Sciences, 23(1), 180. https://doi.org/10.3390/ijms23010180

Punzón-Jiménez, P., & Labarta, E. (2021). The impact of the female genital tract microbiome in women health and reproduction: a review. Journal of Assisted Reproduction and Genetics, 38(10), 2519–2541. https://doi.org/10.1007/s10815-021-02247-5

Gao, X., Louwers, Y. V., Laven, J. S. E., & Schoenmakers, S. (2024). Clinical Relevance of Vaginal and Endometrial Microbiome Investigation in Women with Repeated Implantation Failure and Recurrent Pregnancy Loss. International Journal of Molecular Sciences, 25(1), 622. https://doi.org/10.3390/ijms25010622

Berard, A. R., Brubaker, D. K., Nemecio, D. X., & Farr Zuend, C. (2025). Understanding the Associations of Urogenital Microbiomes With Fertility and In Vitro Fertilization. American Journal of Reproductive Immunology, 93(2). https://doi.org/10.1111/aji.70035

Bracewell‐Milnes, T., Saso, S., Nikolaou, D., Norman‐Taylor, J., Johnson, M., & Thum, M. (2018). Investigating the effect of an abnormal cervico‐vaginal and endometrial microbiome on assisted reproductive technologies: A systematic review. American Journal of Reproductive Immunology, 80(5). https://doi.org/10.1111/aji.13037

Jendraszak, M., Skibińska, I., Kotwicka, M., & Andrusiewicz, M. (2024). The elusive male microbiome: revealing the link between the genital microbiota and fertility. Critical review and future perspectives. Critical Reviews in Clinical Laboratory Sciences, 61(7), 559–587. https://doi.org/10.1080/10408363.2024.2331489

Günther, V., Allahqoli, L., Watrowski, R., Maass, N., Ackermann, J., von Otte, S., & Alkatout, I. (2022). Vaginal Microbiome in Reproductive Medicine. Diagnostics, 12(8), 1948. https://doi.org/10.3390/diagnostics12081948

Thanaboonyawat, I., Pothisan, S., Petyim, S., & Laokirkkiat, P. (2023). Pregnancy outcomes after vaginal probiotic supplementation before frozen embryo transfer : A randomized controlled study. Scientific Reports, 13(1), Article 1. https://doi.org/10.1038/s41598-023 39078-6

Oliveira, L. C. S. L., Costa, E. C., Martins, F. D. G., Rocha, A. S. D., & Brasil, G. A. (2024). Probiotics supplementation in the treatment of male infertility: A Systematic Review. JBRA assisted reproduction, 10.5935/1518-0557.20240013. Advance online publication. https://doi.org/10.5935/1518-0557.20240013

Osadchiy, V., Belarmino, A., Kianian, R., Sigalos, J. T., Ancira, J. S., Kanie, T., Mangum, S. F., Tipton, C. D., Hsieh, T. M., Mills, J. N., & Eleswarapu, S. V. (2024). Semen microbiota are dramatically altered in men with abnormal sperm parameters. Scientific reports, 14(1), 1068. https://doi.org/10.1038/s41598-024-51686-4